管理決策水平低，盲目上項目造成資金沉澱，是導致鄉村債務增加的問題所在。
而從客觀上講，主要是體制和政策等因素造成的，表現在下列幾個方面：
一是財政體制不平衡，鄉村事權大於財權，硬性財政支出多，收不抵支。據農調隊測算，全國鄉級每年需要3700億元才能維持合法生存，如果按支出的70%計算，也要支出2590億元；
而總來源只有750億元，收支相抵每年相差1840億元。
二是農村公共品需求日益增長，加重了鄉村債務包袱。有資料顯示，在鄉村債務中，用於鄉鎮公共品建設投入的佔債務總額的40.9%，用於改善農村生產經營條件的佔10.4%。
三是以減負爲目標的農村稅費改革與農村轉移支付機制的不配套，增加了鄉村債務的機率。農村稅費改革在制止濫收費、減輕農民負擔的問題上起到了明顯的作用。而新的鄉村財務管理體制並沒有隨之建立起來，鄉村用來維持日常工作運轉的可用資金越來越少。臨時性的國家對農村的財政轉移支付數額小，中間抵扣的環節又多，真正能到村的很少。要解決農業生產經營性的投資問題，還得要靠借債來維繫。
四是財政供養人員多，支出過高。
五是上世紀興辦鄉鎮企業，留下了鄉村債務隱患。在鄉村債務中，興辦鄉鎮企業而留下的債務佔債務總額的11.3%。
六是彌補農村合作基金會虧損，增加了鄉村債務。
由此可見，化解鄉村債務是一項涉及面廣、政策性強、工作難度大的系統工程，必須突出重點，標本兼治。既要全力抓好現有債務的化解工作，又要建立預防新債務產生的長效機制。
第一，研究制定化解鄉村債務和債權清收的政策規定。建議由國家發改委牽頭，會同財政部、農業部、勞動和社會保障部、水利部、商務部、國家稅務總局等相關部門，組織聯合調研組，選擇幾個有代表性的地區進行實地調研，拿出化解鄉(鎮)、村債務問題的具體方案。在搞好試點的基礎上，統籌兼顧，穩步推進。
第二，採取切實措施化解鄉村債務。本着實事求是的原則，對鄉村財務進行徹底清理，分析其成因、構成。對因鄉村謀發展、保穩定而向國家金融部門借貸形成的債務，國家應通過掛賬、停息、貼息和緩收的辦法來化解鄉村債務危機。對因欠稅費而形成的債務，可採取退稅的辦法來解決。依照國有企業破產的辦法和程序，允許鄉鎮企業進行依法破產，從而盤活企業，解脫債務。建立化解鄉村債務工作專項資金。各級財政每年可劃撥專項補助資金，用於化解鄉村因建校、基礎設施建設形成的債務。減少不切實際的評比達標活動，禁止在報刊徵訂中的硬性攤派，嚴肅查處加重鄉村經濟負擔的行爲。
第三，適度提高地方在稅收分成中的比重。中央應在合理劃分縣鄉兩級事權和財權的基礎上，進一步完善分稅制體制，適當提高地方在稅收分成中的比例。
第四，建立鄉村公共財政體系。完善國家財政轉移支付，加大對鄉村的財政轉移支付力度。國家財政轉移支付在現有解決村幹部工資、特困戶救助的基礎上，對鄉村基礎設施建設、農業保險、農村社會保障體系的資金，應全部或部分納入國家統一財政預算，確保鄉村基本公共品的需求。對國家財政轉移支付資金要確保專款專用，堵塞中間截留環節。建立健全新的鄉村財務監管體制。對鄉鎮財政實行縣管鄉用，在縣市財政設立統一的財政專戶。改革農村會計管理制度，村會計的任免權收歸鄉鎮，全面實行村賬鄉管。實行村財務會計集中核算，推廣財務電算化管理。
第五，全力推進與稅費改革相關的各項配套改革。紮實推行鄉鎮機構改革，調整合並規模較小的鄉鎮，嚴控鄉鎮黨政機構行政編制。適時合併行政村，建立中心村，提倡村幹部交叉任職、兼職等，減少支出。調整和完善農村義務教育的管理體制和投入體制，農村中國小教師工資由中央、地方各級政府共同負擔，縣財政統管，以減輕縣、鄉財政壓力。抓好以增資擴股、清收盤活不良貸款爲重點的農村信用社改革，通過大力推行小額農貸清欠的辦法化解債務。
